Kraków podczas rozbicia dzielnicowego 1138-1319

Bolesław Krzywousty wydając testament chciał zapobiec walce o tron, którą sam niegdyś toczył ze swoim bratem. Zdawał sobie bowiem sprawę, że spory wewnętrzne mogły jedynie przynieść korzyści wrogom państwa. Jednak wola Bolesława Krzywoustego nie wypełniła się. Wkrótce po jego śmierci w 1138 r. między braćmi wybuchły walki, w następstwie których obalona została władza seniora. Państwo polskie rozpadło się wówczas na mniejsze księstwa, a ich władcy często toczyli ze sobą spory i walki. Rozbicie Polski trwało ponad 150 lat.

Bolesław Krzywousty w 1138 roku ustanowił Kraków stolicą dzielnicy senioralnej i siedzibą princepsa. Tym samym Kraków ponownie stał się stolica Polski. Jako pierwszy tytuł princepsa objął Władysław II Wygnaniec. Przegrany w sporze z braćmi zmuszony został do opuszczenia kraju w 1146 roku. Juniorzy pozbywszy się starszego brata na nowo podzieli kraj. Wschodnią Wielkopolskę otrzymał Mieszko III, a Sandomierskie młodszy Henryk (bez nadziału pozostał nieletni Kazimierz). W tym samym roku władzę w Krakowie przejął Bolesław IV Kędzierzawy. Za jego panowania do Krakowa sprowadzone zostały siostry zakonu Norbertanek.
Po śmierci Bolesława Kędzierzawego w 1173 roku księciem zwierzchnim został Mieszko Stary - książę Wielkopolski, który wskutek konfliktu z możnowładcami po 1179 roku został wygnany z kraju. Na tron w Krakowie powołano Kazimierza II Sprawiedliwego. Najmłodszy syn Bolesława Krzywoustego popadł w konflikt z małopolskim możnowładztwem. Z pomocą małopolskiej opozycji wygnany Mieszko Stary w 1191 roku na krótko opanował Kraków, a władze przekazał swojemu synowi. Kazimierz sprawiedliwy bardzo szybko odzyskał tron. Po jego śmierci Mieszko III Stary rościł sobie prawo do objęcia tronu, jako że formalnie następcą tronu został dziesięcioletni wówczas Leszek Biały. W 1195 roku miała miejsce wojna między oddziałami Mieszka Starego a armią wojewody krakowskiego Mikołaja. W 1198 roku na mocy porozumienia o opiece nad Leszkiem Białym, władze przejął Mieszko III Stary. Rządził w Krakowie do 1199 roku.
W między czasie w 1184 roku na prośbę Kazimierza Sprawiedliwego sprowadzono do Krakowa ciało św. Floriana. A rok później rozpoczęto budowę kościoła św. Floriana. Według legendy konie przewożące ciało świętego zatrzymały się i nie ruszyły dopóki nie zdecydowano się wybudować na tym miejscu kościoła.